С середины ХVI века в Новгороде появились воеводы. В ХVII веке в руках воевод фактически сосредоточилась вся полнота власти, так как Новгород был одним из важнейших пограничных городов Русского государства. Начало строительства Воеводского двора относится к началу ХVII века. Воеводский двор представлял большую усадьбу городского типа, огражденную деревянным тыном, за которым воевода, в случае необходимости, укрывался от восставших горожан.
Главным административным зданием воеводского управления была Приказная палата, находившаяся к северу от Воеводского двора. Остатки этого большого здания, выстроенного в конце ХVI века, сохранились до нашего времени в нижней части так называемых Присутственных мест (ныне Новгородский музей истории, архитектуры и искусства).